新型コロナウイルス蔓延による航空需要の低下を受け、スカイマークは2月1日～28日の大幅減便を計画している。減便予定の便については現在予約を見合わせており、当該便の予約客に対しては無償での振替もしくは返金を受け付ける。
同社は減便の詳細を1月20日に発表するとしているが、予約を見合わせている便が全て運休となった場合、長崎・仙台・茨城の各空港では同社の運航便は全便運休となる。
神戸発着路線では、新千歳線（1日1往復）・羽田線（1日3往復）・那覇線（1日1往復）のみの運航を予定しており、発表ダイヤから大きく運航便を減らす見込み。また、昨年就航した神戸―下地島線の直行便も、羽田―下地島線とともに運休対象に加わっている。（那覇経由便は運航予定）
SKY 2月予約見合わせ便一覧
（SKY公式サイト 2021年2月1日（月）～2月28日（日）の予約見合わせについてより）
| 羽田=福岡線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 羽田 ⇒ 福岡 | SKY001 | 6:20 | 8:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 福岡 ⇒ 羽田 | SKY002 | 7:00 | 8:35 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 福岡 | SKY007 | 9:15 | 11:20 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 福岡 ⇒ 羽田 | SKY008 | 10:20 | 11:55 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 福岡 | SKY013 | 12:35 | 14:40 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 福岡 ⇒ 羽田 | SKY012 | 13:50 | 15:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 福岡 | SKY017 | 15:00 | 17:05 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 福岡 ⇒ 羽田 | SKY018 | 16:20 | 17:55 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 福岡 | SKY021 | 17:20 | 19:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 福岡 | SKY027 | 20:00 | 21:55 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 福岡 ⇒ 羽田 | SKY024 | 20:05 | 21:40 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 福岡 ⇒ 羽田 | SKY026 | 21:15 | 22:45 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田=新千歳線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 羽田 ⇒ 新千歳 | SKY703 | 6:45 | 8:20 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 新千歳 ⇒ 羽田 | SKY706 | 8:10 | 9:55 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 新千歳 | SKY711 | 11:00 | 12:35 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 新千歳 ⇒ 羽田 | SKY712 | 11:25 | 13:10 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 新千歳 | SKY713 | 12:20 | 14:00 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 新千歳 ⇒ 羽田 | SKY716 | 14:40 | 16:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 新千歳 ⇒ 羽田 | SKY720 | 16:15 | 18:00 | 2月1日（月）～13日（土）、15日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 新千歳 | SKY723 | 16:55 | 18:30 | 2月1日（月）～13日（土）、15日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 新千歳 | SKY729 | 20:30 | 22:05 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 新千歳 ⇒ 羽田 | SKY730 | 21:00 | 22:40 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田＝神戸線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 神戸 ⇒ 羽田 | SKY102 | 7:10 | 8:30 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 神戸 | SKY101 | 7:20 | 8:40 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 神戸 ⇒ 羽田 | SKY104 | 9:20 | 10:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 神戸 | SKY105 | 13:05 | 14:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 神戸 ⇒ 羽田 | SKY108 | 13:10 | 14:20 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 神戸 ⇒ 羽田 | SKY110 | 14:40 | 15:50 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 神戸 | SKY109 | 15:35 | 16:55 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 神戸 | SKY117 | 20:05 | 21:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田=長崎線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 羽田 ⇒ 長崎 | SKY401 | 7:20 | 10:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 長崎 ⇒ 羽田 | SKY440 | 7:40 | 10:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 長崎 ⇒ 羽田 | SKY442 | 11:00 | 14:20 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 長崎 | SKY407 | 13:05 | 16:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 長崎 ⇒ 羽田 | SKY448 | 17:20 | 20:15 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 長崎 | SKY413 | 17:40 | 20:55 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田=鹿児島線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 羽田 ⇒ 鹿児島 | SKY301 | 6:30 | 8:35 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 鹿児島 ⇒ 羽田 | SKY300 | 7:15 | 8:50 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 鹿児島 ⇒ 羽田 | SKY302 | 8:35 | 10:10 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 鹿児島 | SKY305 | 11:45 | 13:50 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 鹿児島 ⇒ 羽田 | SKY304 | 11:45 | 13:20 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 鹿児島 | SKY307 | 14:20 | 16:20 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 鹿児島 ⇒ 羽田 | SKY306 | 15:00 | 16:40 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 鹿児島 | SKY309 | 18:50 | 20:50 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田=那覇線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 那覇 ⇒ 羽田 | SKY510 | 7:40 | 9:50 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 那覇 ⇒ 羽田 | SKY512 | 9:15 | 11:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 那覇 | SKY517 | 13:00 | 16:00 | 2月1日（月）～13日（土）、15日（月）～28日（日） |
| 那覇 ⇒ 羽田 | SKY516 | 14:05 | 16:25 | 2月1日（月）～13日（土）、15日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 那覇 | SKY519 | 15:30 | 18:30 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 那覇 | SKY521 | 17:05 | 20:05 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田 ⇒ 那覇 | SKY523 | 18:25 | 21:20 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 那覇 ⇒ 羽田 | SKY522 | 20:45 | 22:55 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 羽田＝下地島線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 羽田 ⇒ 下地島 | SKY613 | 11:05 | 14:35 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 下地島 ⇒ 羽田 | SKY618 | 18:45 | 21:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 神戸＝新千歳線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 新千歳 ⇒ 神戸 | SKY172 | 11:45 | 13:50 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 神戸 ⇒ 新千歳 | SKY173 | 12:35 | 14:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 新千歳 ⇒ 神戸 | SKY174 | 15:40 | 17:45 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 神戸 ⇒ 新千歳 | SKY175 | 15:55 | 17:45 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 神戸=仙台線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 神戸 ⇒ 仙台 | SKY152 | 8:30 | 9:50 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 仙台 ⇒ 神戸 | SKY153 | 10:25 | 11:55 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 神戸 ⇒ 仙台 | SKY156 | 17:35 | 18:55 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 仙台 ⇒ 神戸 | SKY157 | 19:35 | 21:05 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 神戸=茨城線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 神戸 ⇒ 茨城 | SKY182 | 7:55 | 9:05 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 茨城 ⇒ 神戸 | SKY183 | 8:35 | 9:55 | 2月2日（火）～28日（日） |
| 神戸 ⇒ 茨城 | SKY186 | 19:05 | 20:10 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 茨城 ⇒ 神戸 | SKY187 | 19:45 | 21:05 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 神戸＝長崎線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 長崎 ⇒ 神戸 | SKY140 | 7:40 | 8:45 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 神戸 ⇒ 長崎 | SKY141 | 9:15 | 10:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 長崎 ⇒ 神戸 | SKY142 | 11:00 | 12:05 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 神戸 ⇒ 長崎 | SKY145 | 15:05 | 16:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 長崎 ⇒ 神戸 | SKY148 | 17:20 | 18:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 神戸 ⇒ 長崎 | SKY147 | 19:40 | 20:55 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 神戸＝鹿児島線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 神戸 ⇒ 鹿児島 | SKY131 | 7:40 | 8:50 | 2月2日（火）～28日（日） |
| 鹿児島 ⇒ 神戸 | SKY132 | 9:15 | 10:20 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 神戸 ⇒ 鹿児島 | SKY137 | 18:25 | 19:35 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 鹿児島 ⇒ 神戸 | SKY138 | 20:25 | 21:30 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 神戸=那覇線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 神戸 ⇒ 那覇 | SKY593 | 11:00 | 13:15 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 那覇 ⇒ 神戸 | SKY594 | 14:05 | 15:55 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 神戸 ⇒ 那覇 | SKY597 | 17:00 | 19:15 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 那覇 ⇒ 神戸 | SKY598 | 20:10 | 22:05 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 神戸＝下地島線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 神戸 ⇒ 下地島 | SKY163 | 10:40 | 13:20 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 下地島 ⇒ 神戸 | SKY164 | 14:10 | 16:15 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 茨城=新千歳線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 新千歳 ⇒ 茨城 | SKY790 | 9:00 | 10:30 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 茨城 ⇒ 新千歳 | SKY791 | 9:45 | 11:05 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 新千歳 ⇒ 茨城 | SKY794 | 17:35 | 19:05 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 茨城 ⇒ 新千歳 | SKY795 | 18:35 | 20:00 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 茨城=福岡線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 茨城 ⇒ 福岡 | SKY831 | 7:35 | 9:40 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 福岡 ⇒ 茨城 | SKY836 | 18:55 | 20:30 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 茨城=那覇線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 茨城 ⇒ 那覇 | SKY531 | 11:05 | 14:20 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 那覇 ⇒ 茨城 | SKY532 | 15:20 | 17:50 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 中部=新千歳線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 中部 ⇒ 新千歳 | SKY761 | 7:45 | 9:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 新千歳 ⇒ 中部 | SKY768 | 20:55 | 22:50 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 中部=鹿児島線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 中部 ⇒ 鹿児島 | SKY635 | 6:30 | 8:00 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 鹿児島 ⇒ 中部 | SKY636 | 12:50 | 14:05 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 中部 ⇒ 鹿児島 | SKY637 | 14:50 | 16:20 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 鹿児島 ⇒ 中部 | SKY638 | 20:30 | 21:45 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 中部＝那覇線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 中部 ⇒ 那覇 | SKY549 | 6:05 | 8:30 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 那覇 ⇒ 中部 | SKY552 | 10:25 | 12:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 中部 ⇒ 那覇 | SKY557 | 16:00 | 18:30 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 那覇 ⇒ 中部 | SKY556 | 20:40 | 22:35 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 福岡＝新千歳線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 新千歳 ⇒ 福岡 | SKY772 | 10:15 | 13:00 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 福岡 ⇒ 新千歳 | SKY771 | 10:25 | 12:40 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 福岡 ⇒ 新千歳 | SKY773 | 14:05 | 16:20 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 新千歳 ⇒ 福岡 | SKY774 | 15:10 | 18:00 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 福岡＝那覇線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 那覇 ⇒ 福岡 | SKY502 | 10:10 | 11:50 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 那覇 ⇒ 福岡 | SKY504 | 12:20 | 14:05 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 福岡 ⇒ 那覇 | SKY505 | 12:35 | 14:30 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 福岡 ⇒ 那覇 | SKY507 | 14:55 | 16:40 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 那覇 ⇒ 福岡 | SKY506 | 15:05 | 16:50 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 福岡 ⇒ 那覇 | SKY509 | 17:35 | 19:30 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 鹿児島＝奄美大島線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 鹿児島 ⇒ 奄美大島 | SKY381 | 9:25 | 10:25 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 奄美大島 ⇒ 鹿児島 | SKY382 | 11:10 | 12:05 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 那覇＝下地島線 | ||||
| 路線 | 便名 | 出発 | 到着 | 対象日 |
| 下地島 ⇒ 那覇 | SKY542 | 12:40 | 13:30 | 2月1日（月）～28日（日） |
| 那覇 ⇒ 下地島 | SKY547 | 17:00 | 17:55 | 2月1日（月）～28日（日） |
